Osoba wnosząca pozew w EPU uiszcza należną opłatę sądową - w wysokości 1,25% wartości roszczenia - bez wezwania i za pomocą dedykowanego systemu internetowej płatności firmy eCard SA. Płacić można przelewem z rachunku bankowego (m.in. mBanku, Multibanku, PKO BP SA, BZ WBK SA, Banku BPH SA) bądź karty płatniczej (Visa, MasterCard) wnoszącego opłatę.

Do powyższej opłaty doliczana jest prowizja (od 1,8 do 2,6%) na rzecz operatora płatności, uzależniona od wysokości opłaty sądowej. Prowizja jest tym mniejsza, im wyższa jest opłata sądowa, tzn. do opłaty sądowej nieprzekraczającej 100 zł dolicza się 2,6% prowizji, zaś do opłaty w kwocie powyżej 5 tys. zł doliczana jest prowizja w wysokości 1,8%. Nie pobiera się opłat od złożenia skargi na orzeczenie referendarza sądowego i zażalenia w EPU. Warto nadmienić, iż w e-sądzie nie stosuje się przepisów o zwolnieniu od kosztów sądowych.